近年の人手不足解消の切り札として、特定活動（ワーキングホリデー）等の在留資格を活用し、外国人労働者を雇用する企業や店舗が増加しています。しかし、その給与計算において日本人従業員と同様の処理を行うと、税務上の源泉徴収漏れや労使トラブルを招く恐れがあります。
本コラムでは、ワーキングホリデーをはじめとする短期就労外国人の給与計算における「非居住者」の源泉所得税（20.42%）の仕組みと年末調整の取り扱いについて、法的根拠に基づき解説します。あわせて、適法な労務管理が外国人の在留資格に与える影響についても言及します。
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目次
1. ワーキングホリデー外国人は原則「非居住者」に該当
給与計算を行う前提として、当該従業員が所得税法上の「居住者」と「非居住者」のいずれに該当するかを正確に判定する必要があります。
（１）所得税法における「居住者」と「非居住者」の区分
日本の所得税法では、個人の納税義務者を「居住者」と「非居住者」の2つに区分します。
- 居住者： 国内に「住所」を有し、または現在まで引き続いて1年以上「居所」を有する個人。（原則）
- 非居住者： 居住者以外の個人
非居住者の判定基準
- 入国時の契約期間が1年未満であるか？
- ビザの性質上、1年を超える滞在が予定されていないか？
- 過去の滞在実績を含めて、日本に1年以上住む客観的な事実があるか？
（２）居住者と推定されるケース
入国から1年が経過するまで居住者として扱われないわけではありません。国内において継続して1年以上居住することを通常必要とする職業に従事する場合（期間の定めのない労働契約や、1年以上の雇用契約を結んでいる場合など）は、入国時から「居住者」として推定されます。
したがって、「技術・人文知識・国際業務」や「特定技能」など、中長期の就労を前提とした在留資格での雇用であれば、多くの場合、入社直後から居住者として取り扱われます。一方、ワーキングホリデーなど1年未満の短期滞在を前提とする場合は、原則として「非居住者」となります。
（３）就労可否の確認：「指定書」の重要性
ワーキングホリデーで入国した外国人の在留カード上の在留資格は「特定活動」となります。しかし、「特定活動」にはインターンシップやアマチュアスポーツ選手など、就労の可否や活動内容が全く異なる数十種類の類型が含まれています。
雇用する際は、必ず本人のパスポートに貼付されている「指定書」を確認し、「ワーキング・ホリデー」の記載および就労が認められている旨を事業主として確認する法的義務があります。
2. 非居住者に対する源泉所得税「20.42%」の適用ルール
判定の結果「非居住者」に該当する場合、給与計算における源泉徴収のルールが居住者（日本人等）とは大きく異なります
（１）一律20.42%の課税と扶養控除等の不適用
非居住者が日本国内で稼得した給与（国内源泉所得）に対しては、支給額（非課税となる通勤手当等を除く）に対し、一律「20.42%」（所得税20%＋復興特別所得税0.42%）の源泉徴収が義務付けられています。
日本人や居住者に適用される「源泉徴収税額表」は使用せず、基礎控除や扶養控除などの各種所得控除も適用されません。
例えば、額面給与が20万円の場合、手取り額は以下のようになります。
| 項目 | 日本人（居住者・扶養なし） | ワーホリ外国人（非居住者） |
|---|---|---|
| 額面給与 | 200,000円 | 200,000円 |
| 源泉所得税 | 4,340円 ※給与所得の源泉徴収税額表（令和 8 年分）より | 40,840円（20.42%） |
| 手取り（目安） | 195,660円 | 159,160円 |
（２）採用時に生じやすい労使間の認識齟齬と説明の重要性
日本人アルバイトであれば所得税が非課税となる水準の給与額であっても、非居住者には一律20.42%が課税されるため、手取り額が想定より大幅に少なくなるケースが一般的です。
「不当に税金を引かれている」といった労使間の誤解を防ぐため、求人時や雇用契約締結時に「日本の税法に基づき、額面給与から20.42%が源泉徴収されること」を本人の理解できる言語で説明しておくことが、実務上の重要な予防措置となります。
（３）非居住者における社会保険の適用関係
税務上は非居住者として扱われる場合であっても、労働基準法等の労働関係法令および社会保険諸法令は等しく適用されます。
週の所定労働時間が正社員の4分の3以上である場合（または特定適用事業所において週20時間以上等の要件を満たす場合）は、日本人と同様に健康保険および厚生年金保険への加入義務が生じます。
3. 非居住者の「年末調整」および確定申告の取り扱い
（１）年末調整は対象外（源泉分離課税）
年末調整は、国内に生活基盤を有する「居住者」を対象とした制度です。したがって、非居住者に対する給与は年末調整の対象外となります。
また、非居住者の給与所得に関する20.42%の源泉徴収は原則として「源泉分離課税」により課税関係が完結するため、確定申告（還付申告）を行って払いすぎた税金の還付を受けることはできません。
（２）在留期間の延長等により「居住者」へ変更となった場合
ワーキングホリデー等の期間中に、別の就労ビザ（「技術・人文知識・国際業務」など）への変更許可を受け、1年以上の滞在が見込まれる状態となった場合は、その時点から「居住者」に切り替えて給与計算を行います。
居住者となった日以降に支払われる給与については、通常の源泉徴収税額表に基づく所得税率を適用し、その年の年末調整においては「居住者となった後の給与のみ」を対象として処理を行います。非居住者期間中に徴収した20.42%の税額を年末調整に含めることはできません。
4. 不適切な給与・労務処理が外国人の在留資格に与える影響
ワーキングホリデー等の外国人を雇用する際、税務や労務の不適切な処理は、企業側だけでなく、外国人本人の今後の滞在に影響を及ぼす可能性があります。
（１）ワーキングホリデーから就労ビザへ「変更」する際のリスク
ワーキングホリデー期間終了後、引き続き日本企業で雇用するため「技術・人文知識・国際業務」や「特定技能」等の就労ビザへ手続きを行う場合、実務上いくつかの留意点があります。
まず手続きの前提として、日本国内での直接の「変更申請」が認められるかは出身国の協定内容によって異なり、一部の国を除き、原則として期間終了後に一度本国へ帰国することが求められる傾向にあります。そのため、引き続き雇用する場合は、企業側が「在留資格認定証明書」を取得して改めて呼び寄せる手続きが必要となるケースが多く見られます。
次に、ビザの変更や呼び寄せの審査においては、外国人本人の公的義務（税金や保険料の納付）の履行状況が確認されます。この際、入管から提出が求められる税務書類は主に「住民税」の課税・納税証明書であり、現状の実務において「所得税」の納税証明書まで一律に求められるケースは少ないとされています。
ただし、労働・社会保険関係法令を遵守していない状況は「受入機関としての適格性」に疑義を生じさせる要因となり得ます。総合的な審査の結果として、企業側のコンプライアンス違反が外国人材のビザ切り替えや呼び寄せに支障をきたすマイナス要因となる可能性も否定できないため、安定した雇用を継続するには、企業側の適法な労務・税務管理体制の整備が推奨されます。
（２） 企業側に及ぶ「不法就労助長罪」等のリスク
ワーキングホリデーなどの「特定活動」で入国した外国人を雇用する場合、パスポートに貼付された「指定書」の確認が不可欠です。指定書を確認せず、就労が認められていない外国人を雇用した場合、企業側が出入国管理及び難民認定法に基づく「不法就労助長罪」に問われる可能性があります。適正な労務管理の徹底は、企業のコンプライアンス維持において重要です。
まとめ：労務と給与計算の専門家の活用
ワーキングホリデー等による短期滞在外国人の給与計算においては、居住性判定による税率の切り替え、年末調整の除外、入管法に基づく指定書の確認など、横断的な専門知識が要求されます。
日本人従業員と同じシステム設定で処理を進めてしまうと、税務調査における追徴課税のリスクだけでなく、外国人労働者本人の在留資格を脅かす事態に発展しかねません。
外国人の適法な雇用環境を維持するためには、労働法令・社会保険法令と入管業務の双方に精通した専門家を外部ブレーンとして活用し、平時から正確な給与計算と労務管理体制を構築することが重要です。
この記事の監修者
社会保険労務士法人第一綜合事務所
社会保険労務士 菅澤 賛
- 全国社会保険労務士会連合会（登録番号13250145）
- 東京都社会保険労務士会（登録番号1332119）
東京オフィス所属。これまで800社以上の中小企業に対し、業種・規模を問わず労務相談や助成金相談の実績がある。就業規則、賃金設計、固定残業制度の導入支援など幅広く支援し、企業の実務に即したアドバイスを信念とする。
